就在高中生大树决定跟暗恋多年的同学杠告白的那天，一道奇怪的光线照过，瞬间全世界的人类都变成了石头！一心只想著未完成的心愿，让大树的心保持著清醒，就这么度过了数千年。终于石化解除，令他惊讶的是眼前竟然是一排文字，叫他循线过来……大树找到目的地，看到的竟是早他半年醒来的同学千空，于是大树决定跟千空联手，从无到有再度打造出人类的文明。

从石器时代到现代文明， 疾驰过200万年的科学史！ 前所未有的冒险传记，于此开幕！ 在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。 他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司。 司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。 为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。 要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。 而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁。 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。 为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路。

特别篇主要讲述了千空航海前与龙水打交道的故事。为了换取龙水的航海技术，千空他们要在这个史前社会挖石油……

全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！ 前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！

宝岛激战结束后，千空等人安全返回了科学王国。他们用得到的石化装置，成功地让沉睡中的司苏醒过来。司成为了科学王国的一员！ 而人类石化的幕后黑手的根据地就在月球上，于是他们踏上了前往月球的旅程！在这个石之世界里，他们开始了一项从零建造宇宙飞船的大工程。

为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……

全人类因神秘现象瞬间被石化后，过了数千年——。 拥有超人头脑的科学少年千空苏醒了。 面对文明灭绝的石之世界， 千空决心用科学的力量夺回这个世界。 让体力过人的青梅竹马·大木大树苏醒， 要从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，追上200万年的科学史！ 前所未闻的创世冒险故事，就此展开！

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与司帝国的战斗结束，千空等人为了拯救被冷睡的司而开始行动。为了查明石化现象的谜，科学王国终于以地球的背面·新世界作为目标！为了航海而开始造船的千空等人，为了与航海力100亿的神腕船长成为伙伴，根据记者南的情报，让七海财阀的名门子弟、曾经乘坐帆船的男人“七海龙水”觉醒。“哈哈！世界又是我的了！”豪言壮语的龙水，以其压倒性的贪婪在村子里制作货币，享受豪华的生活。作为船长的替代，我提议要资源之王“石油”……？